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分稅制財政管理體制的實施，規范了政府間財政關系。改變了原來中央與地方一對一談判確定體制的做法，財政體制全國統一。調動了中央與地方兩個積極性，建立了中央與地方財政收入穩定增長的機制。
在財政部財政科學研究所副所長劉尚希看來，分稅制作為中國財政體制分權化改革的分水嶺，改變了中央財政的風險狀態，大大減少了地方政府畫地為牢的行為，是適應市場經濟需求和有助于全國統一的。然而，在中央財政困難得到緩解后，利益并沒有在中央和地方之間的平衡點停留下來，相反，在控制力的逐漸強化中，一股強烈的利益需求也開始向地方反噬。
肇始于1994年的中央和地方的分稅制改革極大地改變了中國的經濟格局和公民的社會經濟權利狀況，“跑步錢進”只是其中的一個小小縮影。分稅制后，稅源穩定、稅基廣、易征收的稅種大部分劃歸中央。消費稅、關稅劃為中央固定收入；企業所得稅按納稅人隸屬關系分別劃歸中央和地方；增值稅在中央與地方之間按75∶25的比例分成。
周飛舟認為，分稅制改變了地方政府的偏好和行為。增值稅成為分稅制后地方企業的主體稅種，而中央和地方對此的共享分成比例為三比一，增值稅收入從此成為對地方政府而言成本最高、邊際收益最小的稅種。由于中央并不分擔企業經營和破產的風險，則包干制下地方政府大力興辦和經營企業的收益下降而風險上升了。
分稅制財政體制對于中國社會的穩定和發展起到了重要的作用。但現在來看，分稅制已到需要調整的階段，現在也的確到了適當放大地方財權的時刻，因為地方政府在承擔社會管理方面的任務越來越重，同時過去過度依賴土地財政的不可持續發展之路也已經基本到頭，改革是必須的。
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