1、發票的抵扣期限
一般納稅人認證通過的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票申報抵扣時間僅限于當月，且必須在認證通過的當月按照增值稅有關規定核算當期進項稅額，否則不予抵扣。對于上月認證通過的專用發票如果上月沒有申報抵扣，通常情況下在本月是不能抵扣進項稅額的。
2、發票丟失的處理
一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的丟失增值稅專用發票已報稅證明單，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
3、開具發票的時間
務必按規定的時限開具增值稅專用發票，不得提前或滯后，如采用預收貨款、托收承付、委托銀行收款結算方式的為貨物發出的當天；采用交款提貨結算方式的為收到貨款的當天；采用賒銷及分期付款結算方式的為合同約定的收款日期的當天；將貨物交付他人代銷的為收到受托人送交的代銷清單的當天。
4、發票的使用期限
正常經營的一般納稅人領用增值稅專用發票雖然沒有規定使用期限，但被取消一般納稅人資格的納稅人必須及時繳銷包括空白專用發票和已使用過的專用發票存根聯；一般納稅人發生轉業、改組、合并、分立、聯營等情況，也必須在變更稅務登記的同時，繳銷包括空白專用發票和已使用過的專用發票存根聯。
5、開具紅字專用發票
因開票有誤購買方拒收增值稅專用發票的，銷售方必須在專用發票認證期限內向主管國稅機關填報申請單，并在申請單上填寫具體原因以及相對應藍字專用發票的信息，同時提供由購買方出具的寫明拒收理由、錯誤具體項目以及正確內容的書面材料，報主管稅務機關審核確認后憑通知單開具紅字專用發票。
6、發生退貨的處理
一般納稅人開具增值稅專用發票后發生銷貨退回、銷售折讓以及開票有誤等情況需要開具紅字專用發票的，在銷售貨物并向購買方開具增值稅專用發票后，由于購貨方在一定時期內累計購買貨物達到一定數量，或者由于市場價格下降等原因，銷貨方給予購貨方相應的價格優惠或補償等折扣、折讓行為，銷貨方可按規定開具紅字增值稅專用發票，并在開具紅字專用發票后將該筆業務的相應記賬憑證復印件報送主管國稅機關備案。
7、發票的保管期限
一般納稅人必須將經稅務機關認證相符、用于抵扣進項稅額的增值稅專用發票作為記賬憑證進入賬務處理，不得擅自退還給銷售方，并按規定將稅款抵扣聯裝訂成冊，進行妥善保管，保管期限為5年，保存期滿后報經主管國稅機關查驗之后銷毀。一般納稅人銷售的貨物，由先征后返或即征即退改為免征增值稅后，如果其銷售的貨物全部為免征增值稅的，應按規定上繳結存的增值稅專用發票，沒有特殊情況不得領購和使用專用發票。
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